Много са причините, които могат да доведат до спиране развитието на ембриона през време на инкубацията или при излюпването. Колкото по-ниска е люпимостта на яйцата, толкова по-висока е ембрионалната смъртност. През дните на инкубирането тя се разпределя неравномерно и дори при добър процент на излюпване (80-85%) се установяват две повишения на смъртността - в началото и в края на инкубацията. За кокошките това са 3-тия - 5-ия ден и 18-ия - 19-ия ден.
Периодите на повишена ембрионална смъртност се наричат критични. През тези дни в ембриона стават значителни морфологични и физиологични изменения и повечето слаби и с отклонения в развитието си ембриони умират.
Често се наблюдава и трети подем на смъртността - при кокошките на 10-ия - 14-ия ден от инкубацията. При аварийни нарушения на режима на инкубация смъртността може рязко да нарасне при който и да е стадий от развитието.
Неблагополучията през първия критичен период обикновено са свързани със следните причини:
общото здравословно състояние и храненето на родителските стада; правилното събиране, манипулиране и съхраняване на разплодните яйца; фумигацията на яйцата в инкубатора през първите четири дни; недостатъчно обръщане на яйцата; минимални удари, вибрации или разклащане.Всички тези причини довеждат до аномалии в развитието на алантоиса и неговата богата кръвоносна система. Нарушават се дихателната и обменните му функции, които точно през този период започват да се изпълняват.
Оплодените яйца (яйцата със зародиш), умрели до 3-тия ден, при може да бъдат лесно приети като неоплодени, особено когато черупката на яйцата е оцветена. Установяването на умрелия ембрион може да стане само при отваряне на яйцето. В по-голямата възраст при живите ембриони се наблюдават кръвоносните съдове на ембрионалните обвивки и се виждат очертанията на тялото на зародиша. При загиналите на възраст 3-7 дни върху жълтъка се установява кръвен пръстен" - следсмъртна стаза (натрупвания на кръвта в крайните разширения на жълтъчната торбичка).
При ембрионите, умрели в по-късния период до 18-ия ден от инкубацията, кръвоносните съдове най-често са безкръвни. Тази категория отпаднали ембриони се наричат умрели. Причина за неблагополучия тук най-често са отклоненията в температурата, недостатъчната вентилация, недостатъчното количество от някои витамини й микроелементи в дажбата на родителското стадо, недостатъчното обръщане на яйцата и др.
Вторият критичен период - 18-ия - 19-ия ден, се характеризира главно с началото на функцията на белите дробове. Всъщност тази физиологична промяна е прогресивна и истинското й начало е от 15-ия - 16-ия ден със слаби ритмични движения на корема, а на 18-ия ден се проявяват истинските дихателни движения с участието на гръдния кош. Тези движения стават пълноценни само след пълна резорбция на амнионовата течност. Оттук следва, че всички причини, които възпрепятствуват проявлението на белодробното дишане, предизвикват смъртта на ембриона в този период. Тази категория ембриони се наричат умрели вследствие на задушаване (прекратяване на дишането). Главните неблагополучия в този период са отклонения в температурата, недостатъчно обръщане на яйцата, нарушения във вентилацията и натрупване на вредни газове.
За да се намалят до минимум възможностите за допускане на отклонения в технологията на инкубацията, задължително е да се спазват следните по-важни изисквания:
преди зареждането им за инкубиране разплодните яйца да се темперират в помещение с температура около 25°С за 6 до 12 часа; яйцата не бива да се фумигират в периода от втория до четвъртия ден от инкубацията включително; яйцата трябва да се прехвърлят в люпилните шкафове не по-рано от края на 18-ия ден; при прехвърляне в люпилните шкафове яйцата не бива да престояват извън инкубаторите повече от 20-30 минути. Отчитането на температурата, влажността, обръщането и вентилацията трябва да се извършва редовно на всеки 3-4 часа.Оценката на качеството на излюпените пилета най-добре характеризира както качеството на разплодните яйца, така и технологията на инкубацията. Тя най-пълно и компетентно може да бъде извършена от специализираните ветеринарни лаборатории, в които освен чрез методите на биологичния контрол може да се проведат и специфични морфологични, биохимични, бактериологични и вирусологични изследвания. Това е необходимо, тъй като причина за неблагополучията при инкубацията може да бъдат и определени болести вследствие непълноценно и небалансирано хранене на родителските стада (недоимъчни болести), бактерийни, микотични и вирусни инфекции с вътрешен и външен характер.